重庆社会科学院（重庆市人民政府发展研究中心）现有内设机构20个，包括办公室、科研处、智库建设处、干部人事处、后勤财务处、对外学术交流中心、《改革》杂志社（出版物中心）、图情网信中心、社科培训中心、重庆市中国特色社会主义理论体系研究中心秘书处、马克思主义研究所、哲学与政治学研究所、文史研究所（台湾问题研究所）、法学与社会学研究所、农业农村研究所、城市与区域经济研究所、生态与环境资源研究所、国际经贸与物流研究所、产业经济研究所、财政与金融研究所。机关党委（纪委）按有关章程规定设置。按规定设有博士后管理办公室、重庆市社会科学研究系列高、中级专业技术职务评审委员会、重庆市发展研究奖奖励委员会办公室、重庆市重大决策咨询研究课题招投标管理办公室。设有6个新型重点智库和11个青年学术创新团队。